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결재 [決裁] 결정할 권한이 있는 상관이 부하가 제출한 안건을 검토하여 허가하거나 승인함. 재가(裁可)로 순화함.
결제 [決濟] 증권 또는 대금을 주고받아 매매 당사자 사이의 거래 관계를 끝맺는 일.

*출처: 네이버 국립국어원 국어사전. 결재는 재가라는 말로 순화할 수 있다, 결제는 경제적 개념이다, 라는 것으로 외우면 쉽게 분간할 수 있을 듯.